За 130 лет сотрудниками музея, краеведами и любителями природы собраны уникальные коллекции, среди которых достойное место занимает зоологическая коллекция. Она содержит предметы забайкальской и монгольской фауны, и ряда других регионов Евразии. Из наземных позвоночных наиболее богата орнитологическая коллекция. Начало ее создания  связана с именем страстного краеведа, прекрасного натуралиста и препаратора Владислава Степановича Моллесона (1853-1899). Он работал преподавателем в ТАРУ и нашем музее. Коллекция птиц Кяхтинского музея имеет большое научное значение. Ею пользовались и пользуются многие исследователи. В рамках популяризации и пропаганды исторического наследия прошлого города, на базе настоящей коллекции научные сотрудники проводят различные мероприятия для учащихся КСОШ города. Это КВЕСТы, музейные уроки, лекции и тематические экскурсии. Изучая прошлое, мы делаем шаг в будущее.